Flora
Existen 4 tipos diferentes de vegetación clasificados en:
  • Bosque de encino-pino
  • Bosque de pino
  • Bosque de encino
  • Bosque Tropical caducifolio
Y tres comunidades vegetales:
  • Riparia,
  • Rupícola
  • Ruderal.
A la fecha se tienen inventariadas más de 1000 especies diferentes, entre las que podemos encontrar endémicas de la región como el Agave Guadalajara o maguey, la Dalia especie emblemática de México, la Mammillaria jaliscana o una especie nueva recién identificada de álamo blanco Populus primaveralepei. Con este reciente hallazgo Jalisco se convierte en la entidad federativa con mayor riqueza y endemismo de especies de álamo en México quizá se trate de la especie de mayor tamaño (30-35 m de altura) en toda el Área Protegida.